As Secretarias Estaduais contam com a Coordenação Nacional das secretarias sendo o coordenador desta gestão o Prof. Romilson Augusto dos Santos. As Secretarias Estaduais são instâncias organizativas do CBCE previstas no Capítulo V, Artigos 21 e 22 do estatuto da entidade, após a reformulação estatutária de 1987. Antes o CBCE se fazia presente nos Estados através de representantes. O funcionamento das secretarias está sendo redimensionado com a vigência de um novo Regimento instituído pela Direção Nacional após processo de consulta que começou no XI Conbrace (Florianópolis, 1999) e foi concluído nos Encontros Institucionais realizados na 52ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (julho/2000). As Secretarias Estaduais são, agora, formalmente instaladas por ato da Direção Nacional, garantindo-se o cumprimento dos mandatos daquelas que já venham funcionando e que tenham passado por processo eleitoral devidamente divulgado junto aos associados do Estado e reconhecido pela Direção Nacional. No Estado onde não exista Secretaria Estadual organizada, ou onde ela esteja sem diretoria, ou mesmo não tenha passado por processo eleitoral nos termos descritos no caput do artigo, a Direção Nacional nomeará uma Comissão Provisória cujo mandato não poderá ultrapassar 8 (oito) meses.
Regimento - Secretarias Estatuto do CBCE