As Secretarias Estaduais contam com a Diretoria das Secretarias, sendo seu atual Diretor, desta gestão, o Prof. Dr. Valmir Arruda de Sousa Neto.
As Secretarias Estaduais são instâncias organizativas do CBCE previstas no Capítulo IV, Artigos 18, 19 e 20 do estatuto da entidade. Antes o CBCE se fazia presente nos Estados através de representantes.
O funcionamento das Secretarias Estaduais é normatizado, especificamente, por seu Regimento instituído pela Diretoria Nacional após apreciação e aprovação em Assembleia Geral Extraordinária na 77ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência – SBPC, ocorrida em Recife, Pernambuco (julho/2025).
As Secretarias Estaduais são, formalmente, instaladas por ato da Diretoria Nacional, garantindo-se o cumprimento dos mandatos daquelas que já venham funcionando e que tenham passado por processo eleitoral devidamente divulgado junto aos associados do Estado e reconhecido pela Diretoria Nacional.
No Estado onde não exista Secretaria Estadual organizada, ou onde ela esteja sem diretoria, ou mesmo não tenha passado por processo eleitoral, a Diretoria Nacional nomeará uma Comissão Provisória cujo mandato não poderá ultrapassar 8 (oito) meses.

Regimento - Secretarias Estatuto do CBCE