Os Grupos de Trabalhos Temáticos (GTTs) são as instâncias organizativas responsáveis por ser:
- Pólos aglutinadores de pesquisadores com interesses comuns em temas específicos;
- Pólos de reflexão, produção e difusão de conhecimento acerca do referido tema;
- Pólos sistematizadores do processo de produção de conhecimento com vistas à parametrização das ações políticas das instâncias executivas do CBCE.
Estes grupos são dirigidos por um Comitê Científico formado por pesquisadores que sejam no mínimo mestres, dentre os quais um, necessariamente doutor, é eleito como coordenador.
Estruturados a partir de uma Coordenação Nacional (nessa gestão sob a responsabilidade do Prof° Pedro Fernando Avalone Athayde) estão vinculados à Diretoria Científica e são regulamentados pelo Estatuto da entidade, bem como por um regimento próprio.